Susunan Organisasi Badan Perencanaan Pembangunan, Riset dan Inovasi Daerah terdiri dari :

1. Kepala Badan;
2. Sekretariat Badan, membawahi:
   1. Sub Bagian Program;
   2. Sub Bagian Umum dan Aparatur;
3. Bidang Perencanaan, Pengendalian dan Evaluasi Pembangunan Daerah;
4. Bidang Pemerintahan dan Pembangunan Manusia;
5. Bidang Perekonomian, Sumber Daya Alam, Infrastruktur dan Kewilayahan;
6. Bidang Riset dan Inovasi Daerah;
7. UPTD; dan
8. Kelompok Jabatan Fungsional.